Jokalari profesional bezala erretiratu ondoren, 1988ko urriaren 27an hartu zuen Baskoniaren gidaritza Josean Querejetak. Josean klubeko presidente bihurtu zen eta ilusioz eman zituen egitura profesionalizatzeko eta erakundea maila guztietan erreferente bihurtzeko lehen urratsak.
35 urte geroago, Baskonia Europako saskibaloi ligarik onenean lehiatzen ari da, eta Gasteiz, Araba eta Euskadi izenak harrotasun handiz eraman ditu mundu osoan zehar. Talde urdin-gorriak bost Lauko Finaletan parte hartu du Querejetaren agintaldian. Gainera, 2019an euskal hiriburua eta Buesa Arena Europako saskibaloiaren epizentroa izatea lortu zuen, Turkish Airlines EuroLeagueko Lauko Finala hartuz.
Talde gasteiztarra, Joseanen kezka, inkonformismo eta anbizioari esker, Endesa Ligako erreferente ere bada. Bere palmaresean, Baskoniak 4 liga, 6 Errege Kopa eta 4 Superkopa ditu eta txapelketako hirugarren klubik ohoratuena da.
Lazkaokoaren kezkak eta lanak bultzatuta, nazioarteko kudeaketa eredu bat den talde bat eraikitzera eraman du. 2011. urtean, Querejetak finantza egoera zailean zegoen Deportivo Alavesen ardura hartu zuen, gaur egun inoiz baino masa sozial handiagoarekin dagoen lehen mailako taldea.
Beste proiektu batzuk, hala nola Bakh kirol zentroa, Euneizko unibertsitatea, NK Istra kroaziako futbol taldea edo 5+11 Fundazioa, Baskonia Alaves Taldearen parte dira, enpresa eta kirol mailan erreferenteetako bat bihurtuz.
Josean Querejetak bere inkonformismoari, lanari eta anbizioari esker lortu du Baskoniak europako saskibaloiaren elitean hiru hamarkada baino gehiago irautea. Beste urte arrakastatsu batzuengatik. Zorionak, Josean!